后来，又对手下这些辽军进行阅兵。这下子，孙承宗发现这关上的士兵没有纪律，而且有大量不符合条件的人冒领军饷！
于是他便将河南、真定等地不符合条件的士兵全部遣回。又从鲁之甲拯救出的难民里，征召了七千人出来驻守前屯。
不但如此，孙承宗还命杨应乾招募的辽人军队去镇守宁远，请求朝鲜声援辽东，又犒赏东江镇的毛文龙，让他四面防卫。并传令给沈有容进据广鹿岛。
这么一番布置下来，总算一改广宁大败后辽军的颓气。
稳下局面后，孙承宗出关巡视宁远，召集众将开会，多数将领都想退守山海关，马世龙建议守中后所，袁崇焕等主张守宁远。
孙承宗最后同意了袁崇焕的提议，让祖大寿修建防御工事，令袁崇焕、满桂驻守宁远。
而朱由校为邻一时间真实无误的得知辽东的情况，避免在发生被王化贞忽悠瘸聊悲剧！他便派了东厂的冉山海关，负责将边关的事情一一上奏！
到了魏忠贤得势后，他便接手了此事。不但派遣刘朝、胡良辅、纪用等四十五人带着数万武器装备来到关门，供给边关军队！还用白金十万，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等银币赏赐将士！就连孙承宗也没落下，赐下蟒服、白金等，其目的表面上是慰劳军队，实际上是窥探军情。
对此，孙承宗有些不满。他上书给朱由校，不能让宦官监军，但朱由校却回复这没什么。孙承宗只好妥协！任命好好招待这些太监们！
而到了启三年，朱由校为了权力制衡。想在给辽东推举出一位总督！
孙承宗上书朱由校督师和总督不能同时设立，如若一定要同时设立？那便将自己罢免吧！对此，朱由校做出的回答是终止了总督的推选。
到了启四年，宁远城修复，关外的守备器械也已建造完毕，孙承宗上书朱由校请求发军饷二十四万，意图主动出击进攻建酋！
结果，恰逢当时朝廷各地灾祸连连，国库挤不出银子了！户部、工部一起强硬拒绝了孙承宗的请求。
后来魏忠贤在朝中掀大狱，一锅端了东林党！对此孙承宗是很不满的，当时他还想借着给朱由校祝寿的由头，进京弹劾魏忠贤。
结果被朱由校四两拨千斤的挡了回去！
后来，魏忠贤手下的崔呈秀等也在他的授意下，弹劾过孙承宗。当时这位孙大人便当即上书请辞！
不过，眼下朱由校还是不愿意动这位帝师的。于是那一场弹劾便也只能不了了之！
到了今年，建酋嚣张的改沈阳为盛京。公然挑衅大明的京师北京！
孙承宗对此却无动于衷。因为他猜测，建酋如今已做好了万全准备，只等着大举进攻了。所以此刻反攻不是好时机！相反，此时此刻最应该做的是加强防御。
对此，朝中对辽东的不满到达了。不少人都弹劾孙承宗他冒领军饷，畏战不前！
朱由校对茨决定则是，既没有听群臣的罢免孙承宗也没有支持孙承宗的判断。
而是下诏，让孙承宗继续督师辽东。可却让孙承宗精兵简将，减少军饷。
于是，孙承宗只好裁剪军队一万七千人，节省开支六十八万。
到了同年九月。由于马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。
于是魏忠贤党羽趁机弹劾马世龙和孙承宗。
这下子，孙承宗又一次请求辞官，态度很坚决！
于是乎，朱由校只得同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
同时，任命兵部尚书高第为辽东经略。接替孙承宗在辽东的一切军务！